Catalan quiere que un archivo visible se vuelva invisible, lo que Romy propone es una utilidad para mostrar u ocultar a voluntad los archivos que ya tienen la consideración de invisibles (pero es utilidad PPC, no universal).
A Catalan le diría que si la reparación de permisos en el disco de OSX no resuelve su problema, entonces no se me ocurre ninguna solución.
Yo uso unas aplicaciones de flujo de trabajo de Automator para mostrar u ocultar los archivos invisibles, están en formato universal, se ponen en cualquier lugar del disco y se ejecuta la que en cada momento se desea (mostrar u ocultar). Cada vez que se muestran u ocultan los archivos invisibles hay que reiniciar el Finder, las ventanas del Finder que estén abiertas se cierran