Bueno, comparto una experiencia que me ha pasado ahora mismo, que me ha sorprendio.
Resulta que hay tres actualizaciones para os x 10.4.5, que son:
Security Update 2006-001
Security Update 2006-002 version 1.0
Security Update 2006-002 version 1.1



Bien, se entiende, que la ultima engloba al resto, como siempre ha sido, hoy he tenido que instalar un sistema nuevo, asi que he aplicado el ultimo fix de apple directamente, y despues el procedimineto que todos saben entrando con -s etc...

El tema es que tras aplicar el invento, ya no iniciaba la maquina, parecia que fuera hecho algo mal.
Desde otra instalacion paralela, he aplicado el fix Security Update 2006-002 version 1.0 y seguidamente el Security Update 2006-002 version 1.1, reinicie, aplique el invento y ahora si arranca.

Conclusion, que pienso que el ultimo fix oficial de apple no esta completo, o que no engloba el anterior, a pesar de que asi lo pone en la web de apple.
Y por tanto, precisa instalar en orden las actualizaciones y no solo la ultima como deberia ser.